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原子荧光的主要干扰是猝灭效应。这种干扰可采用减少溶液中其它干扰离子的浓度避免。

其它干扰因素有光谱干扰、化学干扰、物理干扰等。

克服干扰的途径有加入络合剂、降低硼辩颈苍驳化钾浓度、加入氧化还原电位高于干扰离子的元素、分离干扰元素等方法。